序总论（共百字二十句五言）〔附一〕治眼九法〔附二〕茹穹子入道始终入手（一）身法得手进步入手（二）进步数息调息胎息丘真人呼吸歌
序按语八十五条附方
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记
序卷一风温温疫卷二暑温伏暑温毒湿温冬温卷三中风少阳螈肝风肝厥胁痛肝痈癫狂虚劳吐血便血肿胀单腹胀滞下（俗名痢疾，又曰积。红色属热，属血，白色属寒、属气。）积聚淋浊泄泻卷四痘症噎呕吐反胃哕失音水气寒湿痹风
竹林寺女科
序一序二序三序四序五自启重刊卫生宝鉴后序补刻卫生宝鉴后序卷一春服宣药辨革春服宣药歌无病服药辨古方名实辨承气汤辨阴盛阳虚汗之则愈下之则死阳盛阴虚下之则愈汗之则死汗多亡阳下多亡阴方成弗约之失卷二灸之不发脱
铜人针灸经点校说明卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七
祝由十三科
尚论篇
博物汇编艺术典医部全录之1博物汇编艺术典医部全录之2博物汇编艺术典医部全录卷001至卷046之1博物汇编艺术典医部全录卷001至卷046之2博物汇编艺术典医部全录卷001至卷046之3博物汇编艺术典医